苹果上长蘑菇的原因是受到了裂褶菌的侵染。
裂褶菌是一种生命力顽强的真菌，其孢子广泛存在于自然界中。当孢子落在苹果的果梗处（果梗是一个相对薄弱的部位，可直接通向果核），若环境条件适宜，如温度、湿度合适（例如在梅雨季节），孢子就可能侵染果梗并扩散到果核，随后子实体就有可能从苹果顶部长出来。
虽然苹果在生长过程中会分泌果蜡以防止外界微生物侵入果肉，但果梗凹陷处仍是一个容易被微生物侵入的薄弱点。
中国科学院昆明植物研究所的专家对长蘑菇的苹果进行了研究。他们将苹果的果肉、果核、果柄等分开，分离出不同部位的菌丝，提取了白参子实体的 DNA 序列，鉴定出该菌株属于裂褶菌。进一步分离、纯化菌丝并做成液体菌种后，进行了栽培实验。
需要注意的是，虽然苹果上长的蘑菇（裂褶菌）本身可食用且具有一定的营养价值和药用价值，但长了蘑菇的苹果并不建议食用。因为食物腐败往往是多种微生物参与的结果，除了裂褶菌外，可能还有其他细菌和真菌存在，它们代谢过程中产生的物质可能对健康有害。
另外，专家提示，虽然白参（裂褶菌）在自然界中广泛存在，但要让其良好生长，需要专业的设备和技术。通常家中腐烂发霉的水果，基本难以种出蘑菇，反而可能会出现大量链孢霉菌，食用被其污染的食物可能导致高热、恶心、呕吐和腹泻等症状。
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